光绪二十四年（1898年），清朝皇帝奏准康有为《请饬各省改书院淫祠为学堂折》。再过三年，又颁《改书院为学堂上谕》谕令。又过一年，其时为中国旧历壬午年，再颁《钦定学堂章程》，仿照西方设立完全西化的现代意义的高等学堂，此即中国教育史上著名的“壬午学制”。随后，四川总督奎俊奏请朝廷批准，锦江书院与尊经书院同时改制，并与四川中西学堂合并为四川通省大学堂。四川中西学堂建于1896年，是今日四川大学的前身，合并而入的两所书院也被教育史专家认定为四川大学的历史正源。
尊经少年各领风骚
张之洞离蜀之后仍惦记着蜀中弟子，他在给继任者谭宗浚的信中说：“身虽去蜀，惟一尊经书院惓惓不忘。”他的弟子们也对老师怀着同样的情感，廖平就曾绕道前往太原等地拜谒过张之洞。宋育仁也曾从北京去湖南敬谒王闿运。另一位弟子吕雪堂还曾追随王闿运去了湖南继续深造。张王的人格魅力是非凡的，道德文章也足以叩动人心。张之洞的“中体西用”说，王闿运“力挽颓风，以实学教诸生，以德感人，且以议论贬当世”的作派浸润学子很深，无论这些徒子徒孙在后来的神州鼎沸中如何地争奇斗妍，甚至“离经叛道”，其底色都脱不掉或多或少的尊经书院的烙印。
荣县人吴玉章曾在尊经书院有过短暂浸染，几十年之后，当他回忆起书院的日子，同学之间对国学的修习，对维新的追慕情景仍历历在目。有如此影响，使他“从小便养成了关心国家大事的习惯”，而他在倥偬岁月中也未忘对学问的钻研，除获革命家之誉，还被邓小平称赞为教育家、历史学家、语言文字学家。担任过中央人民政府副主席的南充人张澜也曾在尊经书院读书，这位“川北圣人”满腹经纶，频繁的社会活动也未能阻止他下笔为文，有《说仁说义》《四勉一戒》《中国需要真正民主制度》《墨子》以及百余首古体诗留传后世，学问的底色造就了他们与职业革命家不一样的风度。与张澜一样，青神人邵从恩也是从尊经书院走出去的民国名士，曾以当面质问蒋介石何以不停止内战而名扬全国，享有“和平老人”美誉。
在书院历史上，对拔尖人才有“尊经四杰”“尊经五少年”之说，又有《尊经十六少年歌》流布，在波澜壮阔的近现代史上，“革命、维新、学术”，这六个字是尊经少年们的主题词。
绵竹人杨锐，“当世杨雄”，血染菜市口的“戊戌六君子”，留下《晋书注》《隋书补注》《杨叔峤文集》等。彭县人尹昌衡，手刃赵尔丰的四川都督，著有《止园丛书》。名山人吴之英，维新重镇《蜀学报》主笔，经学家，书法家，有《寿栋庐丛书》传世。资州人骆成骧，清代四川唯一状元。华阳人徐炯，四川通省师范大学校长，四川教育总会会长，治学与风尚有异，醉心宋明理学，著有《霁园遗书》。新繁人吴虞，蜀中奇人，胡适说他是“只手打倒孔家店的老英雄”。 汉州人张祥龄，近代蜀词的代表人物，有《前后蜀杂事诗》《半箧秋词》等传后。华阳人吕翼文，经学家，曾主持重庆经学书院。被鲁迅称为“文化马前卒”的邹容，曾任孙中山秘书的杨沧白出其门下。简州人傅樵村，著名报人，编著有百科全书式的《成都通览》福泽今人。彭山人周翔，教育家兼诗人，成都多所高校校长，有诗集《周紫庭先生遗诗》。射洪人刘光谟，历史学家。成都人顾印愚，诗人，书法家。
这些巴蜀卓异之才皆受惠于书院培养，而尊经书院也只收录本省学生，只有个别的外省学子在此就读过。陕西人严雁峰小时候随其父行商居蓉，因籍贯被拒，王闿运见他嗜好藏书，志行高洁，破例收录院内，后来他与其子严谷声成为四川最有成就的藏书家。华阳人颜楷，是民国成都最年轻的“五老七贤”，虽未在尊经书院就读，但曾追随王闿运学习过。至于再传弟子以及受尊经书院学风影响的人则数不胜数。
雅安人萧龙友是尊经书院培养出来的“另类”，虽天资不凡，博览群书，最终却未走向经学之道，更未走向激烈的维新之途。他在书院时即对岐黄之术有所解悟，之后沉潜日深，便于1928年弃官从医，成为一代中医大家，民国时曾创办“北平国学医院”。后任中医研究院名誉院长，中华医学会副会长、中国科学院生物地学部学部委员。
宋育仁的“惊人之举”
合川人张森楷在尊经书院和锦江书院皆就读过，年轻时他就立志做一名史学家，尝自题斋名“通史堂”自勉，又撰一联表述心迹：“十二时中莫欺自己，廿四史内当比何人？”后来他践行了自己的诺言，刻苦为学，勤勉著述，大作《史记新校注》《历代地理沿革表》《廿四史校勘记》《历史邦交录 》等等为他赢得了史学名家的地位。如果在承平年代，这位读书种子应该一如既往、心无旁鹜地探幽史海，但让人想不到的是，在1900年至1906年之间，他居然走出书斋，在井研县集股成立了“四川蚕桑公社”，当了一回“新派老板”。不过这位书虫的“下海经商”却并不成功，最后因公私债务的逼迫而宣布破产。
在承先启后的裂变岁月中，尊经书院的学子都在寻求着救国之道，张森楷无疑是想“实业兴邦”。在他之前，他的同学宋育仁也有过兴办实业之举。宋育仁（1857年—1931年）四川富顺人，尊经书院首批学生，才华横溢，王闿运誉其为“当世宋玉”，后来担任尊经书院第六任山长。
光绪二十二年三月（1896年），宋育仁奉旨回川兴办商务，“先后开办洋车、洋烛、玻璃、烟卷、药材、白蜡、竹棕、青麻、煤油、煤矿、砂等公司”，四川的民族工商业在他引导下有所发展。但是在此期间，他曾闹出天大的笑话，一度以为“煤油是从煤炭中榨出来的”，为此浪费了许多钱财。如此笑话是他一生中的“雷人之举”“惊人之举”， 反应了维新求变的蹒跚步态。不过就在“炼炭提油”的二年前，宋育仁差点就实现一个真正的惊世一举。
那是在中日甲午战争爆发之时，他时任驻英公使，隔海东望，忧心故国。眼见中国在黄海之役中溃败，遂生一计：“拟购英国军舰、鱼雷、快艇，招募澳大利亚水兵，组成水师一旅，托名澳大利亚商团，以保护商队为名，自菲律宾北上，直攻日本长崎”。不久，战舰与经费敲定，经费有三百万英磅，购兵船快艇十艘，运输船两艘，征募到海军一旅，指挥官由北洋水师提督琅威里担任，“炮械毕集、整装待发”。无奈翌年三月，中日“马关条约”签定，宋育仁的锦囊妙计胎死腹中。
实业报国、投身政治、办报鼓吹、复兴国故，是温良改革还是激烈革命，在维新大潮的挟裹之下，尊经书院的学子各具面貌。宋育仁选择的应该是温良改制，虽然他被视为“狂才”，又被喻为维新变法中的“新学巨子”。
在执掌尊经书院期间，他与廖平、吴之英创办蜀学会，办理蜀学报和《蜀学丛刊》，与在北京宣扬维新的同学杨锐、骆成骧遥相呼应，形成了浪及全国的维新潮流。蜀学会的会址即设在尊经书院，学会每月底举行讲座，讲座论文甄选后刊登于《蜀学报》。该报1898年5月5日创刊，共印13期，发行两千余份，行销川省内外。“发扬圣道，讲求实学”“以孔子经训为本”，这是他们严加遵循的律则；同时大量介绍西方科学文化知识，翻印《天演论》《原富》《法意》等启蒙著作。
当年9月，“戊戌变法”失败，他的同学杨锐以及川人刘光第在血光中浩然长逝，《蜀学报》随之被禁，宋育仁只能仰天长叹。袁世凯纂位期间，王闿运短暂担任过国史馆馆长，邀请曾经的学生宋育仁担任国史馆修纂。本来，宋育仁是主张帝制的，但他却不认同这个所谓的新皇帝，劝袁世凯退位辅佐幼君，袁大怒，将他拘押军营数月。江山变色，鬓毛已衰，晚年的宋育仁回川专事学问，完成《四川通志》初稿后告别了裂变红尘。
“离经叛道”的廖平
对尊经书院创始人张之洞而言，有些弟子以及再传弟子的选择，他一定是不想看到的，但即便是自己钟爱的学生，张之洞也可能没有想到会背离自己的教诲而“离经叛道”，廖平就着实让张之洞生气。
廖平（1852年—1932年）原名登廷，四川井研人。廖平惹恼张之洞的是他在中国近代史上掀起过滔天巨浪的《今古学考》以及《知圣篇》和《辟刘篇》，其中心要义是要推翻古文经学而力主今文经学。张之洞读后痛斥廖平“风疾马良，去道愈远”。大意是说：你本来是一匹骏马，但是南辕北辙走错了道路，这会离真理越来越远的。张之洞劝学生赶快改弦易辙，严厉说道：“如不自改，必将用兵。”面对老师的训斥和威胁，廖平痛苦万分，几个月也寝食未安，但他最终还是坚持自己的主张，未有一丝动摇，还强硬地回应说：“即使学人弟子不绍箕裘，而匠们广大，何所不容？”更说：“方今各报新开，学馆林立，必别招天下之兵，日与角逐，得失所形，而有禆益，固非可以兵威胁而屈服者。”大有摆开架势相争，与老师恩断义绝之势。这种局面，是廖平极不愿意看到的，张之洞是他的“贵人”和恩师，要不是当年老师慧眼识珠，他廖平哪有出头之日。
放牛娃出生的廖平是位奇才，自小即有读书志向，但却记忆力不好，家人没有指望他走仕途之路，且家贫，就更不能如他所愿了。传说，少年廖平某次给客人掺水，不小心水溅客身而受到责骂，他竟冲冠一怒，手写“我要读书”四字负气出走，家人无奈，方才同意入塾读书。同治十三年（1874年），张之洞在院试落选卷中看到廖平的文章，展读一番，惊为奇文，竟将他由落选生升拔为第一名，再过两年，廖平赴成都参加省级考试，顺利进入尊经书院学习。
为恩师所不容，但廖平却自有同调知音，远在广东的康有为就对廖平的书称颂有加。在细阅廖平著作不久，康有为推出了《新学伪经考》和《孔子改制考》两本惊世骇俗的著作，为变法维新寻求理论根据，从此康名满天下，也成为学术史上著名的康有为抄袭廖平著作的学术公案，至今仍未完全厘清。
一般认为，张之洞的学问偏于汉学，也即古文经学，对廖平持今文学家的观点自然难有所容。廖平的另一位老师王闿运则是今文经学大师，显然，廖平受王的影响极大，但是他的路却也走得太远了，王闿运对其也不了然。对此，王闿运早有预料，他曾说自己门下弟子有“二登“，“皆鲁莽而好标新说”“他日流弊，恐在妄议古人”，这其中一“登”即指廖平（字登廷）。
廖平后来的标新立异更让所有学人惊诧，他一生学问共经历了数次变化，从“初变”开始竟至于“六变”， 最后孔夫子已被他阐释为“上天下地无所不能的神仙”，他的“变”也到了尽头。
尊经书院的教育思想解放了学生们的桎梏，由此产生了众多大师级的人物和廖平这样的不世奇才，在外地学者的眼中，这是蜀中特色。程千帆就曾说：“四川要么不出人，要出一个人就很奇特，比如早年的廖平，后来又出个吴虞，就是那个宣称只手打倒孔家店的”。
白云悠悠，黄鹤已缈，在历史的分水岭上，尊经少年们的身影永恒。 （完）
